Aunque los orígenes del CBUA se remontan hasta 1998, la fecha oficial de constitución del Consorcio es el 23 de marzo de 2001, momento en el que los rectores de las universidades andaluzas firman el Convenio que regula su creación y se constituye el Consejo de Gobierno para su puesta en marcha.
Ese mismo año el Consejo de Gobierno comienza a reunirse de forma regular, se acuerda el modelo de reparto de gasto en recursos de información, se dotan los cargos de Presidente y Director Técnico en funciones, se obtiene financiación adicional de la Junta de Andalucía y se cierra el primer contrato con Elsevier para el acceso a ScienceDirect (2001-2004).
En 2002, se aprueban los Estatutos del CBUA y se confirman los puestos de Presidente y Director Técnico. Se definen los programas de gasto e inversión y se aprueban una serie de Proyectos para el periodo 2002-2004.
Durante el período 2003-2004, el CBUA cristalizó en un organismo sólido, que desarrolla políticas que contribuyen a mejorar la eficiencia de la docencia y la investigación en la Comunidad andaluza y que desarrolla programas de carácter transversal para el conjunto del sistema universitario andaluz, que permiten a nuestras bibliotecas ofrecer nuevos y mejores servicios.
En 2009 se modifican los Estatutos, definiéndose el CBUA como una entidad de derecho público con personalidad jurídica propia para el cumplimiento de sus fines.