El Consorcio se rige por los órganos siguientes:
- Presidente: Manuel Torralbo Rodríguez (Rector de la Universidad de Córdoba)
- Secretario: Israel Muñoz Gallarte
- Consejo de Gobierno
- Comisión Técnica
- Dirección Técnica: Jesús Fernández García
Presidente
Será elegido por la Asociación de Universidades Públicas de Andalucía (AUPA) de entre los Rectores de las Universidades miembros que, entre otras funciones, ostenta la representación del CBUA.
Secretario
Elegido por el Presidente y vinculado a su confianza o permanencia.
Consejo de Gobierno
Está formado por el Presidente y los Rectores, o personas en quienes deleguen, de cada una de las otras universidades consorciadas, y el Secretario del Consorcio. Es el órgano superior del CBUA y, entre sus atribuciones, se cuenta la aprobación del programa de actividades, el presupuesto y las cuentas anuales.
Comisión Técnica
Integrada por los Directores de Biblioteca de cada Universidad y presidida por el Presidente del Consorcio. Es el órgano permanente de administración, propuesta y asesoramiento, con las facultades que le asigna el Consejo de Gobierno.
Dirección Técnica
El Director Técnico es nombrado por el Consejo de Gobierno, a propuesta de la Comisión Técnica, de entre los Directores de Bibliotecas que la integran. Es el encargado de la ejecución de los acuerdos y de la consecución de los objetivos y criterios marcados por el Consejo de Gobierno, así como de las tareas de gestión y planificación de las actividades.