Las actividades del CBUA se financian con las aportaciones de las propias universidades y de la Junta de Andalucía, a través de la Secretaría General de Universidades, Investigación y Tecnología. Desde 2009, el porcentaje de participación de las universidades es proporcional a la financiación ordinaria que reciben de la Consejería de Transformación Económica, Industria, Conocimiento, y Universidades cada año. La totalidad de los recursos destinados a los fines del Consorcio se gestiona directamente desde el CBUA.